build.gradleの一番下とかに、以下のような感じで追加します。

bootRun {
    jvmArgs('-Xmx4096m', '-Xms2048m')
}

これで、grails run-appした際に上記で指定したサイズのヒープがちゃんと指定されてGrails(java)が起動します。